Layaknya urbanisasi, STBM pun datang dari pedesaan lalu dibawa ke perkotaan. Berawal dari observasi kondisi sanitasi dan perilaku higiene masyarakat perkotaan yang tidak lebih baik dari masyarakat pedesaan, STBM mulai dilaksanakan di daerah perkotaan.

Kondisi sanitasi dan perilaku higiene di perkotaan justru lebih rumit bila dibandingkan dengan pedesaan. Hal ini disebabkan oleh beberapa hal, yaitu heterogenitas masyarakat, keterbatasan lahan, serta status kepemilikan lahan. Kondisi tersebut masih diperparah dengan adanya anggapan bahwa masyarakat perkotaan lebih dekat dengan sumberdaya pendukung sehingga tidak memerlukan pendampingan khusus. Kenyataannya, karakteristik masyarakat perkotaan yang unik dan cenderung apatis menjadi tantangan tersendiri dalam meningkatkan perilaku higiene dan sanitasinya, sehingga dibutuhkan intervensi dengan pendekatan yang spesifik pula.

Tantangan kondisi perkotaan yang unik dan spesifik perlu dijawab dengan strategi modifikasi pendekatan yang sesuai. Masyarakat perkotaan yang sibuk dan dipandang sangat up to date pada umumnya tidak menyukai kegiatan yang banyak menyita waktu dan kemasannya pun lebih disukai yang sesuai dengan tren terkini. Belajar dari karakteristik tersebut, modifikasi atas pelaksanaan STBM sangat diperlukan, termasuk teknik pemicuan perubahan perilakunya. Beberapa hal yang dimodifikasi adalah tool PRA-CLTS, modifikasi pesan yang digunakan, serta sudut pandang yang digunakan.

Alat bantu utama dalam melaksanakan STBM adalah PRA, untuk perkotaan pelaksanaannya dimodifikasi sebagai berikut:

• Pemetaan sosial menjadi alat bantu monitoring partisipatif. Kondisi perkotaan yang umumnya sangat padat tidak memberikan ruang untuk membuat peta bersama di atas  tanah sebagaimana yang dilakukan pada kegiatan kalkulasi volume tinja. Dengan demikian, peta dibuat di atas kertas dan informasinya lebih komprehensif. Peta ini nantinya digunakan sebagai alat bantu monitoring partisipatif.
• Transect atau susur kampung dilakukan untuk memberikan pengalaman secara langsung sekaligus mengkonfirmasi peta yang sudah dibuat sebelumnya. Kondisi perkotaan yang sangat padat, terdiri dari gang yang sempit, perlu diantisipasi agar warga tetap aktif berpartisipasi. Kegiatan harus dikemas dengan menarik, salah satunya dengan meminta partisipan untuk memotret kondisi lingkungannya dengan telepon genggam (pada umumnya masyarakat memiliki telepon genggam yang dilengkapi oleh kamera). Setelah penelusuran selesai dilakukan, peserta diajak mendiskusikan bersama kondisi lingkungan dan apa saja yang dipotret selama penelusuran.
• Diagram F atau diagram alur kontaminasi tinja ke mulut manusia menjadi alat bantu untuk menguatkan pemahaman pentingnya mengubah perilaku dan memperbaiki kondisi lingkungan.

Pengalaman menunjukkan bahwa pemicuan yang membidik rasa malu dan jijik kurang powerful untuk menggerakkan masyarakat perkotaan. Ini sesuai dengan label/stereotype masyarakat perkotaan yang tak acuh dan terlalu sibuk dengan kegiatan di luar rumah. Gaya hidup, modernitas, kenyamanan, dan keamanan menjadi pesan penting yang lebih diperhatikan oleh masyarakat perkotaan sehingga mendorong untuk memperbaiki perilaku higiene dan sanitasinya. Penggunaan pesan seperti “Orang modern itu kalau BAB tidak sembarangan lagi” atau “hanya yang keren yang sudah punya jamban dengan tangki septik” lebih menggugah masyarakat perkotaan. Kegiatan pemicuan di perkotaan juga perlu dikemas dalam satu paket pemasaran jasa/produk sanitasi serta mekanisme pembiayaannya.

Data BPS tentang Proyeksi Penduduk Indonesia 2010-2035 menunjukkan pertumbuhan penduduk perkotaan sebesar 2,18%, sebaliknya penduduk di pedesaan menurun 0,64% per tahun. Kondisi ini menunjukkan bahwa pelaksanaan STBM di perkotaan merupakan hal yang penting dan tidak dapat ditunda lagi.

Melaksanakan STBM di perkotaan membutuhkan kemitraan yang kuat dengan berbagai pihak, inovasi teknologi STBM, inovasi alat bantu promosi dan komunikasi, serta keterbukaan dengan berbagai ide dan modifikasi. Kendatipun awalnya lebih dititik-beratkan pada pedesaan, kini STBM sudah merambah ke perkotaan dan perlu terus digulirkan, khususnya di perkotaan untuk meningkatkan perilaku higiene dan sanitasi yang tidak mencemari lingkungan.